因此，您应当按照全部的应税销售额计算缴纳增值税，但在税务代开发票所缴纳的增值税，作为预缴税款，允许在全部应交税款中抵缴。
二、关于企业所得税
企业所得税一般按照按月（季）预缴，年终汇算清缴。
企业所得税适用税率25%，符合条件的小型微利企业，经主管税务机关审批，可减按20%税率计算缴纳。
企业所得税的征收方式有2种，一种是查账征收，另一种是核定征收
1、查账征收，是按照“实际利润额”依照适用税率计算缴纳，而实际利润额=利润总额-以前年度待弥补的亏损额-不征税收入-免税收入。其中：利润总额=营业收入-营业成本-营业税金及附加-管理费用-销售费用-财务费用+其他业务利润+营业外收支+投资收益。
因此，实际利润额不是您所讲的（1000-100）的概念，因为，100元不代表贵公司的实际营业成本、费用和税金（不含增值税、企业所得税）。
2、核定征收，是按照销售（营业）收入*核定所得率*适用税率计算缴纳。其中：销售（营业）收入包括：应税销售额、其他业务收入和视同销售额，核定所得率是主管税务机关根据行业不同事前设置的，一般幅度在5%-30%之间，具体到贵公司应当根据主管税务机关确定的所得率计算，适用税率25%，核定征收不适用20%的税率。
因此，假定主管税务局确定贵公司的核定所得率为10%，那么，贵公司应交企业所得税=10000*10%*25*=250元。
同样，在税务代开发票所缴纳的企业所得税款，作为已预缴税款，允许在全部应交企业所得税税款中抵缴。
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